Job Description

Contexte

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Le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) est l'un des 5 hopitaux universitaires suisses. Grace a sa collaboration avec la Faculte de biologie et medecine de l'Universite de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un role de pointe dans les domaines des soins medicaux, de la recherche medicale et de la formation.


Le service de medecine genetique du CHUV est compose d'une unite clinique et de laboratoires de diagnostic moleculaire et chromosomique. L'unite clinique comprend 3 medecins cadres, 3 cheffes de clinique, 3 assistants, 4 conseillers en genetique et 1 psychologue. Plus de 5000 patients sont vus en consultations par an (neurogenetique, oncogenetique, cardiogenetique, nephrogenetique, etc...).


Les laboratoires de diagnostic moleculaire et chromosomique comprennent 4 biologistes FAMH, 6 experts scientifiques, 1 bio-informaticien et 10 techniciens de laboratoire. Plus de 2500 analyses sont realisees par an a partir de methodes variees (caryotype, FISH, array CGH, Sanger, MLPA, NGS, etc...). Certains patient-e-s beneficient d'un sequencage short read apres capture exome et d'une analyse Mendeliome en trio.


Vous rejoindrez une equipe de recherche nouvellement constituee. Les projets portent sur les patients suivis dans le service de Medecine Genetique et pour lesquels aucun diagnostic moleculaire n'a pu etre pose malgre de multiples analyses. Nous travaillons a l'identification de nouveaux genes responsables de maladies monogeniques rares puis sur la comprehension des mecanismes physio-pathologiques expliquant ces dysfonctionnements par des validations fonctionnelles variees (organoides, modeles in vivo). Nous nous interessons, en particulier, aux genes responsables de troubles du neurodeveloppement d'une part et d'ataxie monogenique d'autre part.


Des collaborations avec des equipes de recherche de l'Universite de Lausanne et de l'EPFL sont envisagees.

Mission

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Participer aux axes de recherche et developpement

Vous concevez, developpez et maintenez des pipelines automatises pour l'analyse de donnees de sequencage de genomes humains (short-read et long-read) dans le cadre des activites de recherche (80%) et, de facon complementaire, dans un cadre diagnostique (20%), en etroite collaboration avec le bio-informaticien du service. Vous integrez et evaluez des outils open source et proprietaires (alignement, detection de variants, annotation, controle qualite) et developpez de nouveaux outils computationnels (methodes statistiques, logiciels) adaptes aux donnees generees par les differents projets. Vous participez a l'interpretation des donnees genomiques en coordination avec le bio-informaticien du service, le post-doctorant et l'ensemble des collaborateurs impliques.

Contribuer a la gestion, l'organisation et la standardisation des donnees genomiques

Vous assurez la structuration, le stockage securise et l'harmonisation des donnees afin de garantir leur tracabilite et leur reutilisation. Vous contribuez a la mise en place de strategies de gestion et de standardisation des donnees pour favoriser leur integration, leur interoperabilite et leur exploitation scientifique.

Participer a la redaction de procedures qualite en bio-informatique

Vous elaborez, documentez et mettez a jour des procedures normalisees afin d'assurer la conformite aux standards qualite et reglementaires, ainsi que l'alignement avec les bonnes pratiques en bio-informatique.

Contribuer a la formation

Vous contribuez a l'enseignement en bio-informatique au sein de la Faculte de Biologie et de Medecine de l'Universite de Lausanne, aupres des etudiants de master et de doctorat, ainsi qu'aux activites d'enseignement pre- et post-gradue en data science biomedicale.

Communiquer et interagir

Vous communiquez et interagissez efficacement avec les collaborateurs internes et externes afin de garantir une coordination optimale des activites de recherche et de developpement.

Profil

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Vous etes titulaire d'un

PhD en biostatistiques, bio-informatique ou domaine similaire

(souhaite), ou d'un

Master en bio-informatique applique a la genomique humaine

, complete par

au minimum deux annees d'experience professionnelle post-master

(exige)

Vous maitrisez les langages

Python, R et Bash

, que vous utilisez pour developper, automatiser et optimiser des analyses bio-informatiques complexes Vous disposez d'une experience dans la mise en oeuvre de

workflows

(par exemple,

Nextflow

ou

Snakemake

) pour le traitement et l'analyse de donnees de sequencage Vous possedez des

competences confirmees en analyse NGS

, incluant l'utilisation d'outils tels que

BWA

,

GATK

,

SAMtools

,

bcftools

,

VEP/ANNOVAR

Vous travaillez efficacement dans des environnements

Linux

, avec des infrastructures

HPC ou Cloud

, et vous etes familier-ere avec la gestion et le traitement de

donnees massives

Vous appliquez rigoureusement les

bonnes pratiques de controle qualite

, ainsi que les outils de

gestion de versions

tels que Git, afin d'assurer la fiabilite, la tracabilite et la reproductibilite des analyses Vous faites preuve de

rigueur, d'autonomie et d'un solide esprit d'equipe

, et vous demontrez une capacite averee a collaborer dans des contextes scientifiques

interdisciplinaires

.
Selon votre profil, le poste sera situe en

classe 10 ou 11

selon le systeme DECFO de l'Etat de Vaud.

Nous offrons

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Devenir une collaboratrice ou un collaborateur du Centre hospitalier universitaire vaudois, c'est l'assurance de beneficier :

De prestations sociales de premier ordre, d'un conge paternite de 20 jours et d'un conge maternite de 4 mois (avec possibilite d'un mois supplementaire de conge d'allaitement) D'une progression salariale reguliere et adaptee aux responsabilites D'un 13eme salaire et de 25 jours de vacances par annee D'un droit a trois jours de formation minimum par annee, avec l'acces a une offre variee au sein du Centre des Formations du CHUV et des centres de formation partenaires de l'Etat de Vaud D'un acces facilite a l'un des 500 logements meubles proposes dans les quartiers environnants pour les personnes qui s'installent en Suisse depuis l'etranger D'avantages sociaux, culturels et economiques offerts aux membres de l'association H-Oxygene D'avantages proposes dans le cadre du plan de mobilite (rabais sur les abonnements des transports publics, promotion des vehicules Mobility et rabais sur l'achat de velos electriques) De restaurants d'entreprise de qualite hoteliere, dans chacun des batiments hospitaliers avec des tarifs preferentiels.

Contact et envoi de candidature

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Contact pour informations sur la fonction : Mme Alexa Buseyne, Administrative, au 021 314 40 65

Dans la mesure ou toutes nos candidatures sont traitees de maniere electronique, nous vous remercions de postuler exclusivement par internet, en cliquant sur le bouton POSTULER en bas de l'annonce.

En cas de difficulte pour postuler, vous pouvez consulter notre procedure comment postuler en ligne.

Si pour des raisons techniques vous ne parvenez pas a postuler en ligne

, nous vous invitons a contacter notre Unite recrutement, qui vous accompagnera dans votre demarche, soit par mail a e.recrutement@chuv.ch, soit par telephone au 021 314 85 70


Le CHUV applique les exigences de qualite les plus elevees dans le cadre de ses processus de recrutement. En outre, soucieux de promouvoir la diversite de nos collaboratrices et collaborateurs, nous sommes attentifs aux differents parcours de vie et mettons tout en oeuvre pour garantir l'egalite de traitement et eviter toute discrimination. Nous nous rejouissons de recevoir votre candidature.


Nous remercions par avance les agences de placement de prendre bonne note que les candidatures inserees par leurs soins directement sur notre plateforme de recrutement ne sont pas acceptees et ne peuvent donner lieu a une facturation. Merci de votre comprehension.