Description de l'entreprise
Avec plus de 12'000 collaborateurs et collaboratrices representant 160 metiers, les Hopitaux Universitaires de Geneve sont un etablissement de reference au niveau national et international. Pour en savoir plus sur notre institution, prenez quelques minutes pour consulter notre retrospective 2024 en cliquant .
Le poste est rattache au Service de Pathologie Clinique (SPC) dans le . Ce departement, compose de neuf services medicaux, a pour mission de fournir des diagnostics, produits therapeutiques, actes therapeutiques, et consultations cliniques specialisees, de haute qualite medicale, dans les meilleurs delais et a un cout acceptable, pour orienter la prise en charge des patientes et patients et contribuer aux decisions et gestes therapeutiques.
Le service de pathologie clinique assure une , principalement sur les tissus issus de biopsies ou des pieces operatoires. Cette activite permet ainsi d'orienter la prise en charge des patients et contribue de facon majeure aux decisions therapeutiques. En plus, par la realisation d'autopsies medicales et par ses activites de recherche et developpement, le service de pathologie clinique participe a la comprehension des mecanismes physiopathologiques impliques dans les processus lesionnels. Le service a aussi des missions de et d' .
Description du poste
En tant que bioinformaticien ou bioinformaticienne, vous jouez un role important dans le developpement, la supervision et la maintenance de pipelines bioinformatiques dedies aux analyses diagnostiques en pathologie moleculaire. Ces analyses incluent notamment le sequencage a haut debit de l'ADN et de l'ARN pour la detection de variants, fusions et variations du nombre de copies (CNV), les SNP arrays par Oncoscan pour l'analyse des CNV et score HRD, les EPIC arrays, ainsi que le sequencage Nanopore pour l'analyse du methylome.
Vous apportez un soutien aux pathologistes et aux biologistes dans l'interpretation des resultats et la discussion de cas diagnostiques, notamment dans le cadre de reunions pluridisciplinaires (tumor boards). Vous assurez le bon fonctionnement des applications et de l'infrastructure utilisees avec les partenaires internes (DSI) et externes (SIB) du SPC, et vous assurez que les applications remplissent les exigences souhaitees et reglementaires. Vous jouez egalement un role important dans les projets interdepartementaux en cours (p.e. DRAPO).
Vous anticipez et integrez les evolutions technologiques en bio-informatique appliquee aux analyses moleculaires, en accompagnant les biologistes, pathologistes et autres acteurs et actrices du diagnostic dans l'identification de solutions adaptees. Vous contribuez egalement a la conception et a l'evaluation d'outils pour l'analyse de donnees moleculaires (multiomique, metadonnees, analyses assistees par ordinateur, etc.), en considerant les contraintes cliniques, les benefices et les couts associes.
Une vision integrative de la pathologie est fortement souhaitee. Des competences ou un interet pour la pathologie computationnelle - en particulier dans le cadre d'analyses bioinformatiques en complementarite avec des donnees moleculaires - ainsi qu'une familiarite avec les approches d'intelligence artificielle seraient un atout.
Qualifications
Vous etes titulaire d'un Master ou PhD en bioinformatique, biologie, informatique, mathematiques, physique, medecine ou equivalent. Vous avez au moins 2 ans professionnelle dans le domaine des analyses bioinformatiques. Vous connaissez les derniers developpements et comprenez comment ils peuvent etre integres dans le contexte d'un laboratoire d'analyses cliniques.
Vous avez d'excellentes connaissances en programmation/developpement informatique et dans le domaine biologique/medical associe au poste. En particulier, vous avez deja acquis des qualifications ou la possibilite d'acquerir des competences dans les domaines suivants :
Vous avez ou la possibilite d'acquerir de solides competences en programmation/script (par exemple en Python, R, Bash).
Vous avez ou la possibilite d'acquerir une experience avec les pipelines d'analyse de donnees NGS.
Vous avez ou la possibilite d'acquerir l'identification de variants, et connaissance de l'annotation et de l'interpretation des variants a l'aide de differents outils (COSMIC, ClinVar, Oncokb, CIVIC, etc).
Vous avez ou la possibilite d'acquerir l'analyse et interpretation de fusions, des CNV lies en particulier au score HRD.
Vous avez ou la possibilite d'acquerir l'analyse de methylation (par exemple EPIC array, sequencage Nanopore).
Vous avez ou la possibilite d'acquerir de la connaissance des systemes de gestion des flux de travail (par exemple Snakemake, Nextflow, WDL).
Vous avez une excellente comprehension des exigences d'un environnement clinique, ou le respect des delais ainsi qu'une grande reactivite sont prioritaires.
Vous disposez d'excellentes competences en documentation, garantissant la tracabilite des analyses bioinformatiques, ainsi qu'en communication, notamment pour transmettre des resultats de maniere claire a un public non specialise en bioinformatique.
Vous appreciez le travail en equipe interdisciplinaire et contribuez activement au partage des connaissances, en facilitant et stimulant les echanges notamment entre bioinformaticiens, pathologistes et biologistes.
Informations complementaires

• Entree en fonction : 01.08.2025
• Nombre de postes : 1
• Taux d'activite : 100%
• Classe de fonction : 19
• Contrat : CDI
• Delai de candidature : 09.06.2025
• Demande de renseignements : Professeur D. Merkler, medecin adjoint agrege,

Votre dossier de candidature doit comporter une lettre demontrant votre motivation, votre curriculum vitae, les copies des diplomes et attestations requis pour le poste et les 2 derniers certificats de travail.
Cette annonce s'adresse indistinctement aux femmes et aux hommes.
Souhaitant s'engager dans la lutte contre le chomage, les HUG encouragent les candidatures qui proviennent de l'Office cantonal de l'emploi.
Seules les candidatures soumises via la plateforme de recrutement sont prises en compte. Les candidatures papier et mail ne seront pas traitees.